Dependen orgánicamente de la Secretaría General Técnica, con nivel de subdirección general, las siguientes unidades:

• a) Intervención Delegada.
• b) Asesoría Jurídica, que se regirá por el dispuesto en el Decreto 343/2003, de 11 de julio, por lo que se aprueba el Reglamento orgánico de la Asesoría Jurídica de la Xunta de Galicia, y contará con el número de efectivos que se determine en la correspondiente relación de puestos de trabajo.
• c) Se adscriben a la Secretaría General Técnica el Comité Ético de Investigación Clínica u órgano que lo sustituya y el Registro Gallego de Instrucciones Previas.​