Debido a la ausencia de sintomatología en el periodo neonatal en la mayor parte de los casos, el hipotiroidismo que aparece en los primeros días de vida suele ser difícil de reconocer clínicamente.
Puede sospecharse por la presencia de dificultades respiratorias, cianosis, ictericia persistente, hernia umbilical, letargia, somnolencia, desinterés por la alimentación, llanto ronco, estreñimiento o presencia de una gran fontanela anterior o posterior abierta.
El cálculo del índice clínico de hipotiroidismo de Letarte es poco discriminativo y la mayor parte de los niños hipotiroideos tienen un índice normal [12, 104].
Ante cualquier signo clínico que haga pensar en un hipotiroidismo congénito se debe realizar diagnóstico diferencial.
En el estudio llevado a cabo por Grant et al. 1992 [111] el 16% de los niños con hipotiroidismo grave no presentaron signos clínicos en el momento del diagnóstico (aunque algunos autores han propuesto la posible utilidad de los síntomas clínicos en la diferenciación de niños hipotiroideos de los casos falsos positivos del cribado). Se observaron que los niños con concentración plasmática de tiroxina por debajo de 30 nmol/l fueron más propensos a presentar ictericia prolongada, dificultad en la alimentación, letargia, hernia umbilical y macroglosia. En el grupo con HC también fue mucho más común la gestación prolongada (> 40 semanas de gestación), el parto inducido y el elevado peso al nacer (>3500g).
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